Bei manchen Präparaten kann es notwendig sein, weitergehende immunhistochemische Untersuchungen durchzuführen, beispielsweise zur Charakterisierung von entzündlichen Infiltraten oder zur Einordnung und Typisierung von Tumoren.
Zudem kann der Nachweis von bestimmten Oberflächeneigenschaften von Tumoren dem Kliniker Hinweise geben, ob eine gezielte Therapie, beispielsweise mit Antikörpern oder Hormonblockern sinnvoll und ein Therapieansprechen zu erwarten ist (prädiktive Pathologie, vgl. hierzu auch Molekularpathologie). So wird unter anderem beim Brustkrebs der Hormonrezeptor-Status und Her2/neu-Rezeptor-Status routinemäßig bestimmt.
Bei der Immunhistochemie werden die Merkmale der Gewebe am Schnittpräparat mit immunologischen Hilfsmitteln farblich hervorgehoben und mikroskopisch ausgewertet.
Insgesamt stehen weit mehr als 100 Antikörper zur Verfügung, um unter anderem die Gewebemerkmale darzustellen, Erreger nachzuweisen (z. B. das Humane Papilloma Virus) oder Aussagen zum wahrscheinlichen Therapieansprechen eines Tumors zu treffen.
